Бен Аффлек с самоиронией ответил на разговор о том, что даже молодые люди сейчас реже занимаются сексом. В подкасте Subway takes 53-летний актер сказал: «Я тоже слишком устал от этого».
Эта реплика прозвучала на фоне личной жизни, в которой у Аффлека было немало резких поворотов. В 2005 году он женился на Дженнифер Гарнер, известной по сериалам «Шпионка» и «Сорвиголова». У пары родились трое детей, но в 2018 году они расстались.
Позже Аффлек вновь сошелся с Дженнифер Лопес. Они познакомились в 2002 году на съемках фильма «Джильи», вскоре объявили о помолвке, но в августе 2004-го расстались за несколько недель до свадьбы. В 2021 году пара возобновила отношения, а через год тайно поженилась в Лас-Вегасе. Затем супруги устроили большой праздник в поместье Аффлека в Джорджии. В августе 2024 года Лопес подала на развод, а в начале 2025-го брак официально расторгли.
Между двумя браками у актера были отношения с продюсером Линдси Шукус и роман с Аной де Армас, известной по фильмам о Бонде и «Блондинке». Аффлек познакомил де Армас с детьми, однако их отношения закончились до выхода совместного фильма «Глубокие воды».